处罚张四维等人的旨意传到内阁，吕调阳曾经到张府中求情，希望他能出面求情，但遭到了拒绝。吕调阳等人离去后，张居正的心情安静了许多，知道张四维等人的命运不可逆转，大臣们也不会再有人来打搅他了。
没有多长时间，吕调阳就离任回家养病。他已经病入膏肓。这个人是张巨正唯一的知己。他的离去对张居正来说简直就是一场劫难，再也不会找到吕调阳一样的伙计了。张四维被贬，内阁空虚，经过反复的思考，终于确定让申时行进入内阁。
这个时期，申时行开始在皇帝和张居正之间奔走。将皇帝的圣旨拿到张居正的孝闱里，请他过目，然后按张居正的指示分发到各部。对于申时行，张居正是放心的。他刚到内阁还不是他的对手，暂时不会给他找什么麻烦。
张居正已经取得了胜利，在这场守制与夺情的斗争中，经过那么多的血雨腥风，处罚了许多的大臣才使朝野暂时沉寂下来，再也没人讨论这件事情，他可以专心致志的工作了。
彗星仍然挂在京城的天空。每天夜里，它都在天空发出耀眼的光芒，并没有别的什么灾难发生，如果预示着什么灾难的话，恐怕只能落在张四维等人的身上。
皇宫里并没有因为处罚几个大臣，而影响万历的婚礼。冯保和太监们忙得很，大家都在为皇帝的婚事忙碌着。
张居正也过了七七之限，按照事前的约定，他穿着青衣角带回到内阁。一切都恢复正常，就像本就没有发生过什么事情一样。然而，这场风波让张居正的内心世界受到了极大的冲击。好像过了几十年，张居正再也不是风度翩翩，神采奕奕，意气风发，已变成神态憔悴，步履阑珊，形同木偶，除了花白的头发，表明他还是一个充满智慧之人外，再也看不出与大学士相匹配的仪表风度了。岁月是无情的。历史将逐渐让这位老人退出大明朝的政治舞台，毫不留情地摧残着他的身心。
其实站在个人角度，此时激流而退仍不失为明智之举，古人曰:应时而动，识时务者为骏杰，是一个真理。小皇帝已经初步长大即将大婚，希望亲政的想法日益迫切，他不想大权旁落。在夺情与守制的问题上存在着激烈的斗争，张居正处在这个漩涡的中心，尽管万历对官员进行了残酷的镇压，但暗流汹涌，无论局势还是舆论对他都极为不利。然而，当局者迷，一心想建功立业，报效朝廷的他，并没有听从众多官员的劝阻，执意要按照李太后的意思留在京城，继续他的改革事业，为他今后的悲剧命运埋下了火种。
张居正的精神受到了很大的刺激，认识到人间的冷暖，世道的艰辛，也让他看清了官场的黑暗，似明似暗的看到身边潜在的危险。于是，在他回到内阁之初，就擅自开始了所谓的京察，在两京及官场开始了一场大清洗。清洗的唯一的标准就是夺情与守制，以在他的去留问题上的态度为蓝本。凡是反对夺情的均是裁撤罢官的对象，许多官员因为提倡恢复礼制，主张他回家守制而受到了不同程度的惩罚，最轻的也是被罢官回家，而在这场斗争中凡是拥护夺情的，不论亲疏，均予以重用。就连当初与高拱有很深关系，被迫辞职的江南才子张佳赢，也被启用并从地方调入中央委以重任。
张居正彻底改变了对人生的态度，再也不像以前那样温文尔雅，换之一个骄横高傲的张居正。人们再也找不到以前的影子。在皇权与政权的高压之下，官场上又恢复了平静。官员们禁如寒蝉，畏之如虎，在他面前只有唯唯诺诺，不敢大声说话，形同奴仆。正是这样一种情况，在他日后失意的时候，才遭到众人的诽谤和诋毁。
清丈土地将是一场艰苦卓绝的斗争。这项工作的开展将给农民带来极大的好处，是最大的受益者。但是这项工作的最大阻力来自大地主、大官僚，清丈土地将使他们的既得利益受到很大的损失，这是这场改革不太顺利的重要原因之一。虽然一条鞭法已经取得极大的成功，国家财力得到极大的加强，张居正并不满足。他认为清丈土地则是根本，是从根本上改变现状的措施。他已经感到上天给他的时间不多了，必须利用现有的时间，集中精力把这件事情做完，免得使改革半途夭折。他横下一条心，不惜以自己的生命健康为代价，要把这件事情做完，把身家性命都已抛在脑后，千秋功罪任由后人评说了。
朝廷的官员已经换了多半，原来的户部尚书已经调任吏部尚书，从地方上调入的段正茂担任户部尚书。张居正把他找来商量在全国开展丈量土地的事情。段正茂与张居正的关系历史久远，特别是在最近的政治风波中，坚定地站在张居正的一边，于是，官运恒通，青云直上。对于张巨正的政治主张，段正茂是十分了解的，在无数的奏章中，在朝会上，张居正反复的阐述这一问题，已经耳熟能详了。