万历的内心还是感谢张居正这个恩师的，他给了他许多的东西，教会许多治国平天下的道理，可惜没有给他留下实践的机会；张居正十年的励精图治，留给他一个四海升平，国富民强，海内臣服的强大国家。正是由于这个巨大的成绩，给他造成一个巨大的心理阴影，对于一个雄心勃勃，希望能开创一番新天地的年轻皇帝来说，无异也是一个巨大的压力，耿耿于心，让他难以释怀，无法摆脱阴影的笼罩。
长期的压抑让他始终体会不到自由和快乐，不满和愤怒与日剧憎。张居正的离去，瞬间的快乐和自由使他心神荡漾，欢乐无比，随着时间的流逝，满腔的愤恨与日俱增。张居正的下场是很悲惨的，受到了抄家的处罚。在他的眼里根本算不了什么。他已经得罪了天下所有的官员，顺乎臣子的心情也是自然而然的，这点处罚一是从轻处理了。
张居正的那一套治国办法已经不符合潮流，臣子们要求改革的呼声越来越高。亲政不久，他就几乎把所有的政治制度都推翻，一切都从新再来，既然那套做法不符合国情民意，就不留一草一木，全盘否定。于是，朝野上下一场对张巨正的清算运动轰轰烈烈的开展起来了。然而，朝中还是有不少明智之士，申时行就与万历的观点截然相反。张居正的一切办法并没有过时，仍然不失为一个好的办法。改革的实践就已经证明了这一切。不过申时行不是张居正，历史让他处在一个尴尬的位置。没有张居正那样的被信任，没有那样的权威，更没有权力可言，内阁不过是皇帝的一个办事机构而已。
张居正与年轻的万历有着本质的不同。张居正身怀“鞠躬尽瘁，死而后已”，一心为国，一心为民的信念；万历则是在为获得自由而欢呼，一味的放松自己，尽情地享受着快乐。张居正学富五车，以干世之才，行治国救民之术，一切从实际出发；万历则是从个人的一时之好，凭官员邸报，奏折等文章寻求一些治国富民的信息，他不知道这些公文根本就靠不住，不过都是一些粉饰太平，歌功颂德的花样文章。
申时行在功利和正义面前，不得不选择了前者。这不能怪他，他也是一个人，面对这些考验也不得不低下头来。他只得承认现实，听从命运的安排。识时务者为俊杰，他不能不识时务。
按照万历的意思，申时行开始为刚满二十的万历准备起建造陵寝的事情来。身为首辅，不顾国家大事，不停的在万寿山与京城之间穿梭。此时，万历已经露出昏晕的迹象，年纪轻轻不是想法干一番大事业，建立起一番功业，而是开始筹划自己的后事，大规模的建造陵寝。
申时行猜透了皇帝的想法，积极的支持，四方奔走，当成头等大事来抓。他摸准了皇帝的思想脉搏，因此得到赏识。万历就是喜欢这样的臣子，善于投其所好，施其所求，搏他的欢心。他认为这样的臣子才是一个好臣子，就要受到嘉奖。身为首辅的申时行，不是为国事奔走，而是为这些小事操心，这也是他的可悲之处。
万历等到了一个新的时代。当政之初的那份热情没有了，为民谋福的清宁之风消失的干干净净。他要在青山绿水之间寻找福荫万代的吉祥之地，为自己建造一座空前绝后的皇陵，不断地扩大规模，无数的库银流水一样的被消耗掉了。他那管这些，只是一味的在建造他的陵寝，也在为大明王朝挖掘着坟茔，正在敲响大明帝国的丧钟。