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在朱常洛和朱常洵两人择一而立的问题上，明神宗拖延了10余年，直至万历二十九年(1601年)，在朝臣的极力谏争和慈圣皇太后的支持下，朱常洛才被册立为皇太子。这一事件，史称为“国本之争”牺牲了无数的人才，让国家蒙受了很大的损失。万历皇帝找到了不上朝的理由，旷工三十八年之久，等到光宗朱常落即位时，国家已经百孔千疮，危在旦夕了、
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苦命的皇长子朱常洛经历过九九八十一难，终于取得正果，被册封为皇太子，神宗皇帝一反常态，他的几个皇弟常洵、常浩、常润、常瀛也在同一天分别被封为福王、瑞王、惠王、桂王，好像在向世人宣告，在皇帝的眼里，他的几个皇儿一视同仁，没有厚薄之分。实质上是在安慰郑贵妃和其他皇子们，告诉他们父皇是爱他们的，册封朱常落是没有办法的事，纯属无奈之举。此后不久，朱常洛又举行了冠婚礼，至此，命运之神才终于向他微笑了，朱常落的命运似乎好了一点点，但没有得到根本的转变。
朱常落虽然如愿以偿的当上了太子，从表面上好像以太子为首的朝臣们经过长达十数年的反抗，搏斗，取得了辉煌的胜利，但这只是一个外表，而因此十几年的宫廷争斗，在万历皇帝的有意运作之下，大明朝已非昨日，已经走向了败落的边缘。在万历皇帝亲政之初，经过张居正同志的艰苦努力，大明朝已经有了中兴的迹象，国力大增，堪称世界第一强国。然而因为国本之争，神宗皇帝消极怠政，只是国家机器运转不灵，加上神宗皇帝横征暴敛，派出太监四处掠夺财宝，弄得全国各地农民起义，矿工暴动不断爆发，致使，大明朝已经奄奄一息，行将就木。当然，明朝衰落的原因很多，但主要还是万历皇帝的有意识造成的。“明之亡，不亡于崇祯之失德，而亡于万历之怠惰。”（《清仁宗实录》嘉庆九年三月壬寅）“怠政”二字是万历皇帝最主要的特点。
让我弄不明白的是，神宗皇帝何以如此昏晕，世界上竟然还有这样的人，因为服气竟然挖自己的墙角，难道神宗皇帝没有想象，这个江山是谁的，不管谁做皇帝都姓朱，都是他的子孙。只要有他的子孙当皇帝，国家还在，即便他死了，到了天堂见到列祖列宗也有一个交代，将来遇到节日子孙们也会祭奠一番，如果他把江山社稷弄丢了，江山易主，家都没了，子孙飘零，还有那个人会记得这个神宗，说不定还会骂上几句，都是这个混蛋皇帝把江山给弄丢了，让我们失去了美好富裕的生活，可恶，可恨！
万历帝朱翊钧，比他的爹爹运气的多，他的爹爹前半生的生活在一直恐怖之中，受尽磨难，好容易当上了皇帝，然而，福气不行，只做了五六年的时间就撒手西去，留下一屋子美女佳人，留下聪明可爱的孩子，也留下无数的遗憾，让他死不瞑目。朱翎均同学的运气可就多了，10岁登极，58岁病死，做了48年皇帝。这在大明朝应该是一个在位时间比较长的皇帝。他的这48年可以分作三个时期：万历元年～十二年为初政时期，因为年龄小，不掌实权，由首辅张居正辅政，国事中兴，国家的实力有了一定的增强，大明朝进入了中兴时期；十二年～二十八年为亲政时期，这段时间，压在他头上的三座大山一一被搬开，心理严重扭曲的神宗开始疯狂的反攻倒算，这是他走向昏晕的时期，全盘否定张居正，动用库银为其修建陵寝是他的代表作；二十八年～四十八年为怠政时期。由于万历帝的本性，再加上“国本之争”，反反复复十几年，大臣们穷追不舍，除了上奏折，在朝会上也不厌其烦的禀奏这些事，为了躲避这些朝臣的纠缠，万历皇帝开始怠政，躲进深宫不出，后来由于身体的原因更是深居不出，长达20余年，不理朝政，致使国家中枢瘫痪、党争不已、国库拮据、边务废弛，尤其是造成辽事大坏，使辽东的努尔哈赤乘机崛起。