1992年，科学家在云南澄江抚仙湖边发现了大量的水下人工建筑的遗迹。2001年夏天，云南玉溪开始对抚仙湖进行第一次科考。经过此次科考，“抚仙湖底存在着一座水下古迹”的说法被逐步证实。为了进一步揭开抚仙湖神秘的面纱，水下考古队大规模地正式进驻抚仙湖，一场气势恢宏的水下考古活动就此展开……直到2005年12月，抚仙湖“水下古城”全貌展露无遗。这座在此静静地沉睡了上千年的“水下古城”比著名的庞贝古城还大近一倍，而如此大型的水下古城的发现，在中国尚属首例。
考古队重点探测的位置在湖的东北部区域，也是水下古城遗址所在地。考古中，除了动用专业水下考古人员之外，还动用了专门做水下探测任务的“蓝鲸”号潜水器，负责探测水位较深的区域。“蓝鲸”号有过多次执行深海目标探测与定位任务的经验，并配备有全球卫星定位系统以及最先进的声呐扫描仪，可供四人乘坐。这次，潜水器进入遗址所在的水域，在湖底发现了大量散落着的形状整齐的石块、一堵南北走向的石墙、一条由石板铺成的类似于街道的建筑物、一座气势恢宏的高台式建筑。据初步考证，这座古城大致存在于2000年前，极有可能是历史上记载的古滇国的国都，而这次考古探索发现对于揭开古滇国的兴衰提供了重要的资料。
2006年6月，刘长柱连同考古学教授李昆声等专家聚集到抚仙湖畔，对之前一个个的重大发现再次进行严密考证，并初步推断，在沉于湖底的古建筑群中，存在于F区的一座古建筑确为宗教祭祀用的神坛之类的建筑。
古城中的古建筑群由8座建筑组成，最引人注目的是一座高20多米（差不多十层楼高），形状类似美洲玛雅人金字塔的建筑。另外，还有一个类似古罗马“斗兽场”的巨大建筑，此建筑底座宽63米、高21米。在这些建筑群中间，还有一条长长的石板路，约长300米，宽5～7米，石板的形状不一，上面雕刻着的几何图案精美绝伦。
对于抚仙湖的形成，这里有一个故事：最早之前抚仙湖所在的县不叫澄江，而叫河阳。河阳的县城在南边，那个时候也没有抚仙湖。当时县府衙门的门口，有一对大石狮子。有一天，突然来了一个疯道士，这道士满街地疯跑，边跑边吼：“狮子眼睛红，说说水晶宫！”但是没有人理会他，以为他只是个疯子。谁想，不多久，石狮子的眼睛真的红了，整个河阳县城开始向下沉，水开始往上涌，越涌越多，最后淹没掉了整个河阳，原来的县城永远地消失了。
故事毕竟是故事，虽有人为编造的成分在里面，但抚仙湖的确处处透着神秘色彩。据司马迁《史记》等史书记载，战国时楚国想扩大势力范围，于是派手下大将庄蹻率领大军来到滇池（现在的云南地区），征服当地少数民族。正欲返回，不想碰上秦国入侵楚国，切断了回路，最后庄蹻干脆在滇池称王，史称“庄蹻王滇”。到了汉武帝时期，中央王朝将滇国设为“益州郡”，滇王成了名义上的统治者，古滇文明逐步被汉化。加上缺乏文字记载，关于古滇国的一切，最后成了一个历史之谜。同时，在有关的史料记载中，曾描述西汉王朝在抚仙湖一带设有俞元城，但俞元城到隋唐以后再没有相关文字记载。在第一次考古发现的时候，专家根据当时挖掘出的有关线索推测这座古城可能就是古滇国国都或者是俞元城。可在第二次的水下探秘之后，发现原来的推测似有不妥：首先，该建筑群经过声呐探测扫描，面积大约2.4平方千米，如此大的城市规模非一般的都城、郡县可以达到的。其次，不管是古滇国国都还是俞元城，它们的建筑结构都是土木结构的，但水下古建筑群却是以石头为主的建筑构造。然后，据澄江、江川等地的各类墓葬群里面出土的青铜器判断，古滇国青铜文化的重要标志之一是兵器，上面通常都雕有奇特的动物造型，如变形的青蛙、龇牙的蛇头、猴头人身等，面目表情刻画得逼真清晰，异常传神。可此次考古发现的图案，如三道人工的划痕、“0”“1”符号、七个排列规律的石孔、象征太阳的简单图案、“人面”图案等，都是简单的勾勒。它们之间所表现出来的文化特征不同，显然后者更为原始古老。
抚仙湖一直给世人留有神秘的印象，关于它的七大千古之谜也被湖边人祖祖辈辈给留了下来：
谜团一：抚仙湖下存有天然人体库？据曾经潜入湖底的潜水员透露，抚仙湖湖底尸体数量庞大，水下尸体均呈现倾斜状，男尸前倾，女尸则向后仰，并且随着水流自然运动，如同活人一般。
谜团二：湖中存有大鱼？抚仙湖里面的大鱼，可不是一般意义上的大鱼，有人说：有一次乘船过抚仙湖，到尖山时，狂风大浪，不远处看见一个像船一样的东西，仔细一瞧，却是一条大鱼的背脊。
谜团三：水底建筑？当地盛传着这样一种说法：古代的时候，抚仙湖的所在地是一个很大的坝子，在坝子的里面，有一个繁华的城池，后来一场大水将这个坝子全部淹没，从前热闹非凡的城池从此沉入水底。
谜团四：航空禁飞区？抗战时期，一架国民党的飞机，当时本来已经准备降落在呈贡机场，不想偏离航向，鬼使神差地撞到抚仙湖畔的老虎山上，最后造成机毁人亡。20世纪80年代，我军一架军用飞机在飞到抚仙湖上空的时候，因仪表失灵，最终导致飞机失控，坠入湖中……类似机毁事件发生多次。后来，抚仙湖被列为“航空禁飞区”。
谜团五：惊现光环？1991年10月24日，这天正好是二十四节气中的“霜降”日，村民张玉祥等人乘船到湖中捕鱼，却惊奇地发现湖的中央部位冒出了一个发光的圆盘，相当耀眼夺目。
谜团六：孤山鲛宫？据民间传言，孤山下面有龙宫，还有许多的洞，抚仙湖的鱼常常跑去游玩，可是洞口太小它们身子又大，每次进去就出不来了，最后永远地待在里面。
谜团七：界鱼石？在抚仙湖与星云湖中间的隔河上，有一块“界鱼石”，从抚仙湖游来的抗浪鱼与从星云湖游来的大头鱼，每次游到此处又各自回游，形成“两湖相交，鱼不往来”的奇观。
这些传说本身带有一定程度的神秘色彩，再加上在传述过程中人为的加工篡改，真实性更加令人怀疑。但有些传说却逐步取得证实，比如关于水底建筑这一谜团。
寻宝李家山
昔日热闹非凡的古城沉入水底，所有值钱的东西也一并沉了下去，抚仙湖究竟埋藏了多少不为人知的宝藏呢？
在抚仙湖的西面有一个小山丘，山丘看似平凡无奇但名声响亮，它就是李家山。李家山地处江川县城北约15千米处，东南走向，海拔1778米，从山脚到山顶落差有60米的样子，属于星云湖畔多依山的支脉。据当地老人说，这里以前是一个古战场，诸葛亮曾带兵在此征战。
由于受到水底科考条件的限制，对抚仙湖湖底的宝藏探险还一时难以实现。1965年9月，各地纷纷响应“农业学大寨”的号召，当地人也开始在李家山上挖大寨田，挖出大批青铜器，但村民们只是将其丢在簸箕箩筐内拿回家当废铜烂铁卖给供销社，帮补家用。1972年，文物发掘工作正式展开，发掘出战国至汉的古墓27座，文物1300多件。1973年，在云南省博物馆举办的“云南省青铜文物展览”中，李家山出土的文物竟占了一半。其中，最珍贵的一件文物是“牛虎铜案”，长76厘米，高48厘米，重30千克。在古滇国时期，它是贵族在宴客或祭祀等活动中用来切肉盛肉的华丽工具。
“牛虎铜案”以牛的四脚作为案足，牛背呈椭圆形盘状，一只猛虎扑在虎尾虎视眈眈地注视着圆盘。在大牛的腹部下面还站着一条小牛，悠然自得、神态自若。整个铜案呈现出极高的艺术观赏性。
1991年12月19日，云南省考古所张新宁连同省考古所和江川有关单位组成的联合发掘队，在经国家文物局批准的情况下，对李家山进行了第二次发掘。此次挖掘出土了大量珍贵文物，其中还包括不少金器，引来无数人的围观，一时之间，李家山被挤得水泄不通。李家山此次出土的铜鼓还有那些高规格的青铜器，不管从质量还是数量上都令人叹为观止。张新宁对外宣称：李家山应该是古滇国的一个王族墓地。并且据研究表明，李家山古滇国墓地的时代是从战国后期一直延续到东汉初期，并且在战国后期就已经进入青铜文化的繁盛时期。这说明，古滇国的统治者发迹于李家山一带，只是后来才将古国中心转移到了石寨山地区。西汉王朝意图歼灭古滇国时，滇王又退回李家山，直到中央推行郡县制，古滇政权名存实亡。
如今，每当雷电交加之时，抚仙湖一带的李家山便屡发雷击事件。专家分析，这说明李家山可能还埋藏着大量金属物质，因为金属物质极易将雷电从空中引下来。难道在抚仙湖还有大量的宝藏尚待人们发掘？