军队在经过一系列重组整编后，三忠的义勇被全部消化，淘汰下来的老弱都给予一定的补偿遣散归家。
最后，大明中枢拥有的总兵力如下：一、天子直辖侍卫亲军陆师战、辅兵共计一镇一万四千兵马，共分四个野战兵团和一个营的宫城禁卫及一个营的天子卫队（包括上百贴身近卫）。撤消了大汉将军编制和有名无实的府军卫，旗手卫、金吾卫、羽林卫、虎贲卫等上直十二亲军卫番号。
同时朱由榔顺应民心的把锦衣卫这个臭名昭著的机构也一并裁撤掉了，裁撤令旨一下，朝野震动，人心大慰，行在的文臣武将闻之无不拍手称快，纷纷上书大赞天子圣明，中兴大业可期。
满朝文武如此沸腾激动也不能怪他们，实在是锦衣卫这个特务机构给他们和他们的前辈留下了太多的心理阴影。
在大明，无论士绅商贾，还是小民百姓，只要一听到锦衣卫三个字，无不色变，锦衣卫就是残忍恐怖的代名词，士农工商，它无孔不入，无处不在，就像一条条潜伏在暗处的毒蛇，毛骨悚然的厂卫酷刑，类似地狱的诏狱、血淋淋的刑具，剥皮充草，十八般酷刑，让天下民众草木皆兵。
在明朝统治时期，三百年里，锦衣卫曾掀起过数次血腥高潮，一次抓捕处决人数就是数千上万计，最盛时，不管你是公侯勋贵，还是帝师宰臣，锦衣卫让你三更死，你就活不过五更天，可谓嚣张至极。
虽然锦衣卫的存在，确实起到了维护皇权，稳定了大明江山的作用，但副作用也不小，它的存在践踏了大明纪纲法治，独立的侦查权，抓捕审判权，使国家的司法部门刑部、大理寺成为了橡皮图章。锦衣卫里的野心家借着皇权庇佑，往往滥用职权，贪赃枉法，打击异己，导致冤假错案横生，引发党争，使君臣离心离德，朝野鸡犬不宁，野蛮的行为也使得腐败蔓延，流毒天下，国家统治根基一点一点被侵蚀挖空。
所以改革优化特务机关势在必行，裁撤锦衣卫只是第一步，原因并不是特务机关的存在不好，只是它的名声太臭了，外加权力设置不太合理而已，中枢行在文武的称颂赞扬并没有让朱由榔昏了头，自断臂膀而沾沾自喜，说到底，一个中央集权制的封建王朝，皇帝想要避免被架空，皇权想要压倒相权，就离不开特务机关的辅助，没有了特务机关就像人没有了眼睛一样，在争斗中会处处被动，后知后觉，弊远远大于利。
所以裁撤掉锦衣卫后，朱由榔又紧跟在后，悄悄建立了内镇抚司和外镇抚司两个独立的直接听命于皇帝的特务机构，其中内镇抚司负责侦查士民百官，探查动向，有无反叛行为，控制舆论，搜集情报等维护皇权；外镇抚司负责对外侦查敌情，搜集舆图，绘测地形、策反拉拢，使间破坏等等。
两个机构，两个镇抚使首领，一个对外，一个对内，彼此独立，互相监督互相牵制，这样可以有效的避免特务机关势大难制，超出皇帝掌控。同时为了避免新的特务机关产生难以控制的破坏力，重蹈锦衣卫的覆辙，朱由榔只给了内镇抚司侦查权，取缔了抓捕审判权。抓捕审判权暂时全部交给刑部和大理寺，外镇抚司权责相对较大，只要皇帝批准，必要时可秘密抓捕审讯敌方人员。
其中内镇抚司掌印是在锄奸行动中立有重大功勋的原锦衣卫百户王康，王康是锦衣卫武职世家出身，祖上世代锦衣卫，精通侦查探秘，其本人也是个老特务，二十几年里先后侍奉过崇祯、弘光、隆武、永历，有着丰富的特务经验，唯一有点缺憾的是资历太浅，想要得堪大用，还需好好磨砺一番，蜀中无大将，暂时只能让廖化做先锋了。
而外镇抚司掌印也是在锄奸行动中立有功劳的原锦衣卫魏广川，魏广川是个地理通，会说南方四五个省二十几种方言，各地的人物风俗，山川河流摸得清清楚楚，由他做外镇抚司掌印倒是十分合适。
至于原先的锦衣卫都督郭承昊因为在朱由榔谋划剪除跋扈藩镇陈邦傅时，不太老实，甘愿充当权臣的内应，脚踏两只船，陈邦傅就戮后，东窗事发，被朱由榔果断处决了。
言归正传，天子直辖的四个野战兵团编制确定下来后，各级军官的任命状也紧跟其后颁布下来了，其中第一兵团的团统制是岭南三忠之一的张家玉，张家玉虽是文臣，却在隆武年间不仅以兵科给事中的身份监过军，而且还和清军实打实的干过几仗，此时的张家玉已经不再是一个初窥战争奥秘的书生了，两年时间的战场拼杀磨练了他的意志，横飞的血肉锻炼了他的勇气，而与清军的斗智斗法更让他慢慢地掌握了用兵设计的诀窍使他在两年间学到了不少战争经验，有了成为一代名将的潜力。
他是精兵政策的坚决拥护者，他认为决定一支军队战斗力的因素并非是这支军队的数量，而是其质量。所以在于李成栋交战之前，张家玉麾下的义兵数量最少，只有一两千人，不过十分骁勇，都是淘汰了老弱后的精壮乡民，彼此都有血缘关系，打仗时同进同退，彼此照应，生死相扶，军队不容易溃散，十分有作为精兵的潜质。而清远这场耗时良久的保卫战便是这个由文人转型为武将的张家玉交上的一份极为精彩的答卷。所以新军重组后，本着物尽其用的原则，朱由榔毫不犹豫任命他做了第一团统制。
第二团的团统制是原焦琏麾下悍将唐文耀，唐文耀原是焦琏的家丁队队头，性格豪迈，骑射都很厉害，作战也猛，当初李成栋兵围梧州时，唐文耀作为焦琏副手，一起随其出城突袭过清军，那一场突袭战，五百铁骑在清军军阵中杀进杀出，大涨明军威风，唐文耀也因此立了守城第一功，尔后其在梧州保卫战、肇庆攻防战中都立有重大功勋，论功劳，客观上说仅次于焦琏，所以为了筹功，也为了平衡军中焦系势力，朱由榔让他做了第二团团统制。