史可法和钱谦益等人的联虏讨逆之议，终于得到了桂王朱常瀛的认可，马士英虽然反对，可靖北军大军压境在即，又急于扶持桂藩监国，也不得不认可此计。
四月初一，在得到南都各方势力最终认可后，桂王车驾终于抵达南都城外燕子矶。
南都留守礼部尚书王铎和镇守太监韩赞周在桂王抵达燕子矶后立即着手清理皇城，征用南京百姓数千人打扫皇城卫生，又命工部重新装饰皇城。
各大城门及主要街道都是张灯结彩，喜气无比。那些原崇祯朝贬到南都的官吏，亦是欢天喜地，如过大年一般，每日城门处都聚集无数百姓，只为一睹监国殿下龙颜。
正位监国一应礼仪朝廷自有定制，南都又是大明两京之一，虽然地位不如神京，但到底是朱元璋钦定的都城，城中熟悉前明典制的官员却是一抓一大把，根本不愁无人可用，况且有周延儒、姜广曰等东林魁首在，出了什么纰漏也能及时纠正。
次日辰时，桂王车驾至正阳门，王铎、周延儒、福建总兵郑鸿魁以及以魏国公徐允爵为代表的南都勋贵出城行驾，恭请桂王正监国之位。
“诸位臣工，不必多礼，马逆乱军名为官军，实为流寇，如今奉燕王令，大掠湖广地方，孤在衡阳是一日三惊，此来南都非为权位，而是欲往浙东投潞王，求一个安身立命之所而已，监国之位，孤万万不可承受。”
按朝廷章程，凡皇帝继统，又或者监国摄政，都须三请三让，桂王是万历皇帝第七子，自然也懂这个道理，在山呼声中，掀开了车辇上的轿帘，言辞恳切地对南都诸官行了一个罗圈礼，坚决不同意即监国之位。
姜广曰再次叩首道：“天下残破至此，殿下不出，乃苍生何？还请殿下怜悯。”
朱常瀛再辞道：“姜先生速速请起，孤德薄智寡，恐当不得天下人望、先帝自有子嗣，卿等何不寻得皇子，承继皇明正统。”
“殿下乃显皇帝子嗣，难道坐看天下沦落至奸贼之手？臣等素知殿下仁德无双，今太子被迁，皇子遇难，李逆兴之怀操莽之志，立一假子以蒙蔽世人，还请大王以皇明三百年基业为念，万勿推脱，正监国之位。”
前崇祯朝内阁首辅周延儒越众而出，再一次请求桂王朱常瀛即监国之位，双方一个说靖北军裹挟流寇残部祸乱地方，一个说京师永历天子真假难辨，言语之间，却坐实了北京朝廷不合理法，乃是窃国大盗李兴之伪诏乱命。
“唉……才疏学浅，恐难当监国大任矣，然天下糜烂至此，孤身为太祖嫡亲血脉，只能勉为其难，待剿除逆军，寻回太子，孤当立即还政，所擅专之罪，罪在孤一人，还请诸位臣工与孤，戮力同心，共诛国贼，复我皇明正溯。”
诸人一唱一和之间，朱常瀛终是答应了监国之事。
姜广曰、高弘图等人大喜，簇拥着桂王车驾就欲入宫，行那监国之礼，好早日瓜分拥立之功。
钱谦益却是推开诸人，拜倒在桂藩车驾之前，洪声说道：“殿下是先入朝耶？先祭陵耶？”谷藁
钱谦益这句话却提醒了一帮想着封官加爵的官员勋贵，先谒孝陵和先入城登基再谒孝陵有着巨大的政治意义区别。若先谒孝陵再入城登基，乃是报于祖先，向天下宣示桂王得位极正，此举等同于当日成祖靖难；可若先登基再谒孝陵，这就说明桂王政权不忠不孝，这对日后桂王登基称帝的合法与正统性很是不利。
周延儒也回过神来了，他亲自操持监国之事，就是想借此事整合南方势力以对抗有可能南下的靖北军，作为谋划刺杀李兴之的主使之人，他知道一旦靖北军渡江，自己的九族恐怕立时便要锁拿京师，故而忘记了祭拜孝陵之事，这会连忙借口道：“殿下入城，正是为祭拜太祖陵寝而来。”
马士英、史可法二人这会也反应过来，亦是跪伏于地，恭请桂王祭拜孝陵。
围观的文人士子，军民百姓看到官员们簇拥车驾直奔钟山，亦是纷纷跪拜，山呼万岁，跟着车驾往钟山方向而去。
祭拜完孝陵，桂王车驾走正阳门入宫，至社稷坛，升宝座，行监国之礼。
桂王遂从诸臣所请正式登坛祭天，监国称制，行告天之礼时，早上有甲士设香案于社稷坛上，设驾大乐鸣钟鼓监国殿下身着冕服扵社稷坛上，文武百官身着朝服于社稷坛左右，行八拜礼。
社稷坛两侧是千余靖南军直属，一个个手执金瓜，斧钺，端得威风凛凛，至于那些金瓜却是花架子，皆是木制，刷满金漆而已。
待监国祭天完毕，诸臣纷纷拜倒，恭祝监国殿下千岁。
桂王即以监国名义授原凤阳巡抚史可法为东阁大学士兼领礼部侍郎，入阁办事；马士英加东阁大学士、兵部尚书、右副都御史衔，改任凤阳总督，又以原詹事府詹事姜曰广为礼部左侍郎，与原礼部尚书王铎，二人皆兼东阁大学士入阁办事。以张慎言为吏部尚书，召刘宗周为都察院左都御史。
原崇祯朝内阁首辅周延儒为礼部尚书，武英殿大学士，拥立功臣钱谦益为户部尚书，路振飞为吏部尚书、吕大器为工部尚书，原南都留守太监韩赞周、卢九德二人为司礼监秉笔太监，诚意伯刘孔诏为提督操江，魏国公徐允爵总督南直隶军马。
福建提督郑芝龙，授平南侯，闽浙总督、原庐州总兵刘良佐授东平伯，安庆总兵、原泗州总兵李芳改任镇江总兵，拱卫南都。
这样的安排也是题中应有之义，毕竟朱常瀛此刻只是监国，内阁首辅只能降级任命，同时又能笼络南都勋贵以及南渡的各路总兵。
行完监国之礼，魏国公徐允爵和内阁首辅周延儒又献上早已准备妥当的监国之宝，率领南都诸官向朱常瀛山呼千岁。
在韩赞周替桂藩接过玉玺后，桂王便洪声说道：“去岁山东逆军入京，天崩地裂，皇帝大行，孤德行浅薄，本不堪社稷之重，然诸官力请之，孤又恐海内无主，大明社稷倾颓，故权掌军国重务，以待寻回天子骨血，诸君务必戮力同心，共伐逆军，前者阁臣史公有言，逆军势大难制，唯联络东虏，行以夷制逆之计，或能剿除逆军，为国家拨乱反正，孤深以为之，今逆军云集中原，不日南下，为大明计，为社稷计，孤有意遣官航辽，借东虏之强兵，挽天地之将倾！”