这时黄巾军主力主要分为三支。
张角三兄弟为首的黄巾军主力在冀州活动，波才所领导的黄巾军在颍川，张曼成领导的黄巾军在宛城，这三部分起义军分别从东面、南面、北面行动，准备包围洛阳，抄汉朝的老底。
皇甫嵩和朱儁到了颍川，开始分兵，由朱儁和波才面对面会战，波才勇猛，朱儁首战失利，只得撤退。
皇甫嵩没有办法，两人合兵一处，一起进驻长社防守，波才乘胜合围。
黄巾军人多势众、气势正盛，皇甫嵩只好鸣金收兵，闭门不出。
波才引兵在城外四处谩骂，骂的话有多难听就有多难听，他的目的只有一个，企图引汉军出战。
“奶奶的，你人多，你十几万，我才几万，欺负人啊，傻瓜才出去和你打呢。要骂你就骂吧，我啊，耳聋，对不起，听不见，心也不烦！”皇甫嵩心想。
事实证明，皇甫嵩不愧是汉末名将，能够沉得住气，在这方面他还是有过人的素质。
皇甫嵩一点都不急，他就在那里等，既等对方出现破绽，也等朝廷派兵来救，几天前，就有小道消息说，骑都尉曹操会率生力军来支援。
“我这里有吃有住的，刮风下雨我都不怕，看谁挨得过谁？”皇甫嵩看看城里至少还有可以吃一年半载的粮食，又看看城外的黄巾军，不少人连帐篷都住不起，有的就勉勉强强地躲在野草扎的帐篷下过夜，不禁笑了。
朱儁也这么想：“娘的，就让暴风雨来得更猛烈些吧。”
可老天就是连着十几天不下雨，相反，太阳每天都准时出来，暴晒了几日，城外的野草都被晒得干枯干枯。
“这样也好。”皇甫嵩看在眼里，嘴角边浮出一丝得意。
这天终于刮起了西北风，是朝黄巾军兵营那边。
“老朱啊，我们动手吧。”皇甫嵩拍了拍朱儁说。
“你不是一直说要等到援军来嘛，我们人马比不过人家啊，怎么就改主意了呢。”朱儁不解。
“哈哈哈，老朱，我们才不和他们打，我们去烧它一把啊。”皇甫嵩笑道。
朱儁呆了下，随即拍了下大腿，大声道：“好啊！妙计啊妙计，老嵩你太有才了，我服了。”
深夜，黄巾军睡得正香，皇甫嵩派一部分士兵偷偷突入对方阵地放火，帐篷啊，野草啊，一着火就很旺，黄巾军顿时一阵大乱。皇甫嵩趁机带着人马杀出来，大家里应外合。波才连忙撤退，却又遇上曹操的援军，被皇甫嵩、朱隽和曹操三面夹击，斩杀数万人，汉军大胜。
接下来，形势逆转，波才接连失利，逃到宛城，却被朱儁手下孙坚登城先入，随后众人蚁附般推进，大破敌军，波才灭。另一边卢植数战大破张角，斩杀万多人，期间卢植被召回洛阳，由董卓代，关于这个插曲接下来第三章中会有交待。
其它一支黄巾军，也好不到什么地方去，南阳太守秦颉与张曼成战斗，斩杀了张曼成，黄巾军便改以赵弘为帅。
皇甫嵩朱隽灭波才后，再度分兵。皇甫嵩北上，朱隽则与荆州刺史徐璆及秦颉合兵，再灭赵弘，赵弘死由韩忠代，韩忠再被灭。余部又推孙夏为帅，孙夏屯兵宛中城。十一月癸巳日，孙夏败走，被朱隽追至西鄂精山，两军决战，孙夏再败，被斩。
就象下一盘棋，开局很梦幻，结局却很凄惨，还没来得及收官，中盘就要告负了。
连张角，这位念咒施符，救人无数的大贤良师自己都病倒了，病得还不轻。
这天，张角把张宝张梁叫到床榻前，神色非常郑重，道：“昨天呢，我又碰见南华老仙了，他老人家说我功德快圆满了，可以成仙了，过几天就带我走。我呢，很高兴，但是革命事业呢，你们还是要继续干，不能辜负了老仙和大家的期望。”
张宝张梁一脸悲痛，他们也很清楚张角为时不多了。
张梁这时再也不想说张角又要忽悠他了。
张角接着又把一些重要事情交待了下，兄弟仨聊了一阵，张宝张梁这才告辞。
张角望着张宝张梁背影，老泪纵横：“兄弟啊，真的不是想忽悠你们呢。谁想成仙啊，我真的还想再活五百年啊。我要不这么说，等挂了后，谁还会相信我们的太平道啊。”
半月后张角撒手西去了，带着无比的遗憾。
“崩盘，崩盘了。”张梁嚎哭道。
“有的人活着他已经死了，有的人死了他还活着”，张宝道：“放心吧，大哥，你永远活在我们的心中，我会高举大贤良师的旗帜，继续带着兄弟们往前走，不辜负你和老仙的嘱托。”
张角病死后不久，树倒猢狲散，黄巾军一下子失去了精神支柱，作战更是节节败退。皇甫嵩继续围剿黄巾军，斩张梁于广宗，斩张宝于曲阳，最后连张角都被破棺戮尸，运首级回京师，至此黄巾之乱平息。
在这里总结下黄巾军的失败。
第一，瘦死的骆驼比马大，东汉末年，虽然政治上很腐败，但还是有人才的，朝廷制定了很多举措来应对，包含军事、政治、经济等多个方面，可操作性很强，如安抚人心，瓦解分化，巩固防务，分兵出击等。
第二，黄巾军打击面过大，树敌过多，起义后不但杀戮贪官污吏，就连一些清官也难逃一死，更不用说富农和一些小地主，因此逐渐失去中层阶级的支持。
第三，精神领袖张角过早病亡，导致人心动摇，士气大挫，俗话说三军不可无帅。
黄巾军虽然被镇压下去了，但带来的副作用却相当大。为了镇压余乱，汉灵帝接受太常刘焉的建议，将部份刺史改为州牧，由宗室或重臣担任，让其拥有地方军政之权，以便加强地方政权的实力，更易控制地方，有效进剿黄巾余部。正因汉灵帝下放权力，助长地方军拥兵自重，各群雄相互攻击，乃至逐鹿中原，皇室逐渐失去话语权。
由此看来，张角领导的黄巾起义，震撼了东汉王朝的根基，直接导致了东汉末年军阀割据、混战，这么说张角就是史上第一推手，没有他这么一推，有没有以后的三国，还真未可知。
在这次镇压黄巾军行动中，使得不少人物崭露头角，逐渐出现在历史舞台上，他们中的有袁绍、袁术、公孙瓒、曹操、孙坚、刘备等。